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国宝石の構成鉱物調査では、含有量が70％の石英（α-SIO2）を主体に、曹長石（NaAISｉ3O8）や雲母の一種であるアナイト（KFe3SｉAI）4O10（OH）2の他、微量のバラ珪灰石（β-CaSiO3）を含有されています。
また、化学組成では、マグネシウムやカルシウムといった主要元素はもちろんのこと、必須微量元素の種類が極めて豊富であることがこの鉱石の大きな特徴となっているのです。ちなみに人体から見つかっている元素は50種類以上ありますが、その中で生体に役割を果たしていると考えられる必須微量元素の大半を含有していることは注目に値します。
一例をあげますと、糖尿病の改善に関連するバナジウム、活性酸素消去酵素であるSOD（スーパーオキシドディスムターゼ）の活性と密接な関係があるマンガン、銅、亜鉛、さらには生物の成長因子に関係するコバルト、生体内で極微量ながら他の元素と共存し生体維持に関わるといわれるチタン、免疫促進効果、抗炎症作用に関わるセレン等々、一般の岩石ではみられない微量金属元素やさらには地球の始源的組成とされる希土類元素を多種含有しているのが大きな特徴となっています。
これらは、火山性のマグマから放出された様々な微量元素がガス化し、1万年からの時をかけて母岩の粒子空間に入り込みホルンフェルス化したためと考えられます。
次に、自然界の全ての物体は、動・植物の成長に必要な育成光線（4〜14μmの遠赤外線）、即ち成長エネルギーというべき微弱な放射線（無害）を放出しています。
その中でも、このマグニー石は、この育成光線の放射が最も強力で、電子レンジや電熱器の放射のように、皮膚・人体の組織・細胞の表面のみに熱を与えて、表面のみを刺激・活性化させるのはなく、組織・細胞の中央、芯まで熱を到達させ、この成長エネルギーを付与し、細胞を活性化し、後述のようなマイナスイオン不足の酸化状態の改善、水の改善、水のクラスターの切断、皮膚の保湿機能の瓦進、過酸化脂質の形成抑制、血流の増強、ダイオキシン・塩素化合物などを体内から解毒させ、後述のような皮膚疾患、内科疾患に幅広く著明な臨床効果をもたらしています。
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